Francisco Javier Varela García nasce a Santiago in Cile nel 1946. Dapprima studia medicina e biologia, poi alla Harvard University consegue il Ph.D. in biologia. La sua tesi, difesa nel 1970 e supervisionata da Torsten Wiesel, è intitolata La retina degli insetti: Il processo dell'informazione nei composti dell'occhio. Insegna in molti istituti ed università nel Nord e Sud America: a New York, a Berkeley in California, nel Colorado, in Costa Rica, in Cile; poi in Europa presso il "Max Planck Institut for Brain Research" di Francoforte ed il "Polytechnical Institut" di Zurigo. Nel 1986 soggiorna in Francia, dove inizialmente insegna scienze cognitive ed epistemologia alla École Polytechnique. Nello stesso periodo dirige il gruppo di ricerca "Dinamiche dei sistemi neuronali" del Laboratorio di Neuroscienze e Brain Imaging del CNRS (Centre national de la recherche scientifique) presso l'ospedale della Salpêtrière.
Ha dato importanti contribuiti nei campi della biologia, dell'immunologia, delle neuroscienze, negli studi sull'intelligenza artificiale, nella cibernetica, nella teoria dei sistemi complessi e nell'epistemologia.
Dopo il colpo di stato di Augusto Pinochet nel 1973, Varela e la sua famiglia passano 7 anni in esilio negli Stati Uniti; poi ritorna in Cile per assumere un posto come professore di biologia.
Varela diventa buddista tibetano nel 1970. Inizialmente studia meditazione con il maestro Chögyam Trungpa Rinpoche, fondatore del Vajradhatu e Shambhala Training. Più tardi studia con Tulku Urgyen Rinpoche, un maestro nepalese di tantra.
Muore di epatite C nel 2001 a Parigi a causa del trapianto di fegato che aveva subito nel 1998.[1]. Varela ha lasciato quattro figli, tra cui l'attrice e modella Leonor Varela.
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